JUG Indonesia lahir pada tanggal 12 April 2003. JUG Indonesia yang semula sebagai milis lowongan pekerjaan Java, yang saat itu sulit sekali didapat, telah berubah menjadi sebuah komunitas Java yang aktif dengan lebih dari 200 perusahan yang menggunakan Java didalamnya.
Maklum milis ini semula menampung semua calon pegawai Intercitra, yang karena saat itu sangat minim keahlian Javanya, Frans Thamura, sang pendiri, berniat untuk melakukan edukasi masal, menggunakan milis ini.
Asalnya diberi nama JobJava Indonesia, tetapi karena merasa kurang generik, diganti nama menjadi JUG Indonesia. Pada bulan pertamanya JUG Indonesia telah memiliki anggota lebih dari 260, dan terus bertambah sampai hari ini, sampai akhirnya melahirkan banyak program nasional seperti JENI ataupun PASIR. JUG Indonesia telah berkontribusi aktif dalam pergerakan promosi OpenSource di Indonesia melalui IGOS, AOSI, ataupun kegiatan pendidikan lainnya.
Dalam perjalanannya, pengelola milis JUG bertemu dengan Eko BS, salah satu moderator Jlinux, komunitas java yang lain, yang ternyata lebih tua 1 tahun dari JUG, kemudian bertemu BAM, dari JavaID.
Setelah diskusi sana sini, JUG akhirnya memilih melakukan edukasi Java yang bersifat Open Source. Pertemuan pertama JUG, dilakukan di kantor Intercitra, dengan sebutan JaMU yang merupakan singkatan Java Meet Up. Kemudian JaMU ini tidak dapat ditampung lagi, karena para anggota yang datang terlalu banyak, yang untuk mengatasinya, karena saat itu tidak ada tempat yang mau menampung, dilakukan dengan melantai.
Kemudian sebuah momentum terjadi beberapa ditahun berikutnya, karena Sun telah memiliki Branding Manager, Harry Kaligis, yang secara personal dikenalkan oleh VP Sun, yaitu Hengky Chandra, mengenai adanya orang Java di Indonesia, dan Pak Harry Kaligis mengajukan ke manajemen, agar ruangan meeting dapat digunakan untuk pertemuan Java. Selain itu juga Usun dari Nokia Indonesia memberikan ruangan di Nokia Hospitalitynya untuk pertemuan, kemudian diikuti oleh Oracle, dengan bantuan dari Direktur Marketingnya, Gunawan Loekito.
Dalam perjalanannya JUG Indonesia, memiliki mentor langsung, yaitu Bruno Souza, pendiri JUG terbesar di Brazil, dengan anggota lebih dari 20.000. Banyak sekali masukan yang diberikan Bruno, sehingga, diluar negeri terkesan sekali JUG Indonesia mereimplementasi gerakan Brazil. Brazil merupakan salah satu negara berkembang yang sangat solid dalam implementasi Open Source, malah telah menghubungkan lebih dari 100 juta penduduknya dengan sistem rumah sakit berbasis Java, dan mengimplementasikan sistem perpajakan online multiplatform berbasis Java.
Selain itu, JUG Indonesia banyak sekali dipengaruhi oleh JUG dari Rusia, yang mana, Rusia merupakan salah satu negara yang sangat maju, dengan julukan Silicon Valley di Eropa Timur. Yakov Sirotin sering sekali memberikan gambaran, bagaimana Rusia dapat menjadi seperti ini, dan bagaimana sebuah hubungan antara warga Java berwarga negara Rusia di Amerika / Silicon Valley dengan warga Java di Rusia/St. Petersburg.
JUG Indonesia, juga telah menjadi salah satu anggota pendukung IGOS yang aktif, malah salah satu program JUG telah diadopsi menjadi sebuah platform pemerintah dengan nama PASIR, singkatan dari Program Aplikasi Sistem Informasi dan Inte(R)operabilitas, sebuah nama yang diciptakan oleh Lolly, dari Depkominfo. Dimana Pasir ini diharapkan dapat menjadi sebuah sarana untuk menampung semua mekansime interoperabilitas antar entitas didalam perusahaan ataupun bisnis, yang berbasiskan teknologi SOA.
Dalam perkembangannya, JUG Indonesia, saat ini memiliki 3 cabang, yaitu kota Jakarta, Bandung dan Jogjakarta. Dimana di Bandung, pertemuan disebut dengan Jambu singkatan dari Java Meeting Bandung. Keanggotaan JUG Indonesia adalah gratis, dan rasakan kedekatan dalam membagi pengalaman dan masalah dalam dunia perJavaan.